Kuzeybatı-güneydoğu doğrultusunda tasarlanan kutsal alan, Arkaik Dönem surlarıyla çevrili akropolisin batı köşesinde yer almaktadır. Kutsal alan, tiyatronun doğusunda yükselen teras üzerindeki hakim konumu ve planlaması açısından Pergamon’daki Athena Kutsal Alanı ile benzerlik gösterir. 2017 yılında başlanan çalışmalar sırasında alanda MÖ 7.-6. yüzyıllardan Geç Bizans Dönemi’ne kadar uzanan geniş bir tarih aralığına sahip buluntular ele geçmiştir.
Kutsal alanın batı ucunda yer alan Athena Tapınağı kuzeybatı-güneydoğu aksında bir podium üzerinde yükselmektedir. Tapınak peripteros planlıdır ve sütun sayısı 6×10 olmalıdır pronaos ve naos olmak üzere iki bölüme ayrılan Dorik tapınağın girişi doğu kenarda yer almaktadır. Tapınağın cella temelinin dört eşit parçaya bölünmesi Pergamon Zeus Altarı’nda görülen ızgara planlı temel sistemini anımsatmaktadır. Alt yapı sistemini desteklemek için tapınak temel duvarı ile podium duvarları arasında kısa duvarlar yerleştirilmiştir.
Pronaosun kuzey duvarının içinde bilinçli olarak yerleştirilmiş 17 adet bronz sikke ele geçmiştir. Tamamı MÖ 2. yüzyıla ait sikkeler tapınağın yeniden inşa ya da onarımı sırasında adak olarak bırakılmış olmalıdır. 2018 yılında Tapınağın naos zemininin altında yer alan dolgunun kazısında ele geçen en geç tarihli buluntular da MÖ 2. yüzyıl ortalarına işaret etmektedir.
MÖ 280 civarına ait bir yazıtta kentteki Athena Kutsal Alanı’nın varlığından söz edilmektedir. Diğer yandan tapınağın defineciler tarafından tahrip edilen naos bölümünde yürütülen kazı çalışmalarında yoğun olarak ele geçen arkaik döneme ait seramik parçaları Hellenistik tapınağın altında muhtemelen Arkaik Dönem’e kadar geri giden erken bir tapınağın varlığını düşündürmektedir. Naos temellerinin dolgusunda ele geçem MÖ 5. yüzyıl ait bir bölümü graffitolu Attika seramikleri ve kırmız figür tekniğinde boyanmış çok sayıdaki minyatür lekythos tapınak ile ilişkili sunular olmalıdır.
Tapınağın güney kenarında yürütülen çalışmalarda dağınık olarak ele geçen buluntular arasında Zeus ve Athena’ya ait çok sayıda pişmiş toprak figürin parçası ele geçmiştir. Kutsal alanda, Athena Tapınağı’nın 10 m. güneydoğusunda başka bir yapının kalıntıları bulunmaktadır. Athena kutsal alanlarında genellikle Zeus kültünün Athena’ya eşlik ettiği bilinmektedir.
Aigai’da 2004 yılında bulunan bir yazıta göre I. Seleukos Nikator ile oğlu I. Antiokhos Soter MÖ 281 yılındaki Kouroupedion Savaşı sonrası Aigailılar tarafından onurlandırılmıştır. Söz konusu yazıtta, iki kopya halinde hazırlanan stellerden biri Kurtarıcı Zeus Altarı’nın yanındaki Athena Kutsal Alanı’na dikilsin ifadesi bulunmaktadır. Dolayısıyla, mevcut yapı kalıntılarının Kurtarıcı Zeus’a adanmış bir altara ait olması kuvvetle muhtemeldir.
Altar, Anadolu’da Arkaik Dönem’den itibaren görülen mimari geleneğin devamı olarak “U” şeklinde plana sahipgibi görünmektedir. Tapınak ile aynı aksta yer alan altar, üzerindeki Bizans yapısı nedeniyle ciddi oranda tahrip olmuştur.
40×100 m’lik bir teras üzerinde yer alan kutsal alanın etrafı “L” planlı bir stoa ile çevrelenmiştir. 63 m uzunluğunda ve 6,50 m genişliğindeki kuzey stoanın 30 m uzunluğundaki doğu stoa ile birleştiği noktadaki enkazda kalp formlu köşe sütun tamburları tespit edilmiştir. Dor düzenindeki stoaların iç kısmında İon sütun sırası uzanıyor olmalıdır. Kesme blok taşlarla yapılan ortostatik görünümlü pseudo-isodomik duvar örgüsü, geison ve sütun stilleri açısından Atina’daki II. Attalos Stoasıyla benzerlikler görülmektedir. Bu alan, MÖ 156-154 tarihindeki II. Prusias tahribatı sonrası gerçekleşen imar faaliyetleri sırasında son şeklini almış olmalıdır.